Michael Schläpfer studierte allgemeine Geschichte, Musikwissenschaft und Schulmusik an der Universität Zürich. Sein Gesangstudium absolvierte er bei Madeleine Diehn-Janda.

Seit 1990 leitet er das Orchester Camerata Salonistica und seit 2017 Stradis Orchester. Von 1995 bis 2001 dirigierte er die Jugend-Sinfonietta St. Gallen. Als Chorleiter betreute er von 1992 bis 2017 den Chor Gais. Seit 1995 leitet er die Kanti am Brühl-Singers, seit 2001 den Männerchor Heiden, seit 2013 den Frauenchor sinGALLinas und seit 2017 voxJssimo, den Kantonalen Jugendchor St. Gallen.

Seine Spezialität ist die Pflege von verschiedenen Stilen und Epochen. Neben klassischen Werken finden immer wieder Stücke aus Volksmusik, Jazz und Rock Eingang in seine Konzerte. Bereits 1997 erhielt Michael Schläpfer von der Stadt St. Gallen den Förderpreis „als begeisternder Orchesterdirigent und als origineller, engagierter Organisator von Konzerten“. Bekannt wurde er zudem als Dirigent zahlreicher Musicalproduktionen,  darunter „Oliver!“ und „Carousel“ in St. Gallen, „Anatevka“, „Don Quixote - Der Mann von La Mancha“ und „Piratical“ in Gais sowie "Der Zauberer von Oz“ in Mörschwil. 2019 dirigierte er in Co-Leitung die Operette "Ball im Savoy" und 2022 "Im weissen Rössl" bei der Operette Sirnach.

Von 2005 bis 2017 war Michael Schläpfer Mitglied der Musikkommission der Schweizerischen Chorvereinigung (SCV) und von 2013 bis 2025 wirkte er als Kantonaldirigent und Präsident der Musikkommission des St. Galler Kantonalgesangsverbands (SGKGV). Zudem ist er SCV-Experte und Experte bei Jugend und Musik und engagiert sich in der Kinder- und Jugendchorszene als Vorstandsmitglied beim Verein Schweizer Kinder- und Jugendchorförderung (SKJF). Seit 2024 ist er Stiftungsrat der St. Gallischen Kulturstiftung.

Als Historiker beschäftigt er sich mit der Geschichte des Waisenhauses St. Gallen.

An der Kantonsschule am Brühl St. Gallen unterrichtet er Geschichte, Politik und Musik.